法氏囊位于雞的泄殖腔后上方。在胚胎期間，法氏囊從雞胚卵黃發育分化而來，囊內充滿淋巴組織。雛雞大約在21日齡以前，來自卵黃的淋巴干細胞在法氏囊誘導分化為成熟的B細胞，然后經淋巴和血液循環遷移到骨髓，脾臟，哈德爾氏腺及其他外周淋巴器官，對外周淋巴器官的發育起支配和決定作用。
    雞法氏囊的另一個功能是可作為外周淋巴器官捕捉抗原和合成某些抗體。
    在法氏囊內成熟B淋巴細胞向外周免疫器官遷移過程中，若法氏囊受到損傷，外周淋巴器官的發育將受到影響，內部的B細胞數量減少，機體免疫功能下降——免疫抑制。雞群表現對各種疫苗的免疫應答能力差，對各種病原體的易感性增加。
    另一方面，雞法氏囊受到損傷，其本省捕捉抗原和合成某些抗體的能力也相應下降，雞群表現免疫抑制。
    免疫抑制的輕重取決于法氏囊損傷的嚴重程度。通常，雞法氏囊病毒感染雞的日齡越大，法氏囊損傷越輕，導致的免疫抑制也越輕，出現可修復的暫時性免疫抑制；法氏囊病毒感染雞的日齡越小，法氏囊損傷越嚴重，導致的免疫抑制也越嚴重，甚至出現不可修復的永久性免疫抑制。
    肉仔雞大約以21日齡為界，雞群在21日齡之后感染法氏囊炎病毒，免疫抑制現象較輕，或出現一過性免疫抑制；雞群在21日齡之前感染，免疫抑制現象比較嚴重，或出現永久性性免疫抑制。
    免疫抑制的輕重還取決于所感染法氏囊炎病毒的毒力。毒力越弱所導致的免疫抑制越輕微，毒力越強免疫抑制越嚴重。
    傳染性法氏囊炎弱毒疫苗殘留毒力強時，也會引發免疫雞群出現免疫抑制。
    當雞群處于免疫抑制狀態時，雞群對疫苗的免疫應答反應差，對禽流感、新城疫、大腸桿菌、慢性呼吸道疾病、壞死性皮炎、葡萄球菌等多種疫病的易感性增加，容易導致疫病暴發流行。