因為呼吸道的粘膜纖毛系統可以有效的清除病原微生物和顆粒物，有些病毒性傳染病可引起呼吸道局部纖毛脫落和感染細胞溶解，進而引起細胞污物及其碎片的聚集，這為細菌繁殖及細菌接觸宿主細胞創造了有利條件。所以，在治療病毒感染的過程中一定要控制細菌的感染。
    正常情況下，在氣管粘膜的表面有一層纖毛，細菌是進不來的，那么，機體發病細菌又是怎樣進來的呢？主要是上皮細胞不完整、缺損導致的。主要是H9禽流感、傳支、支原體導致纖毛失去作用，出現炎性物質，在呼吸道疾病開始的最早期就會出現吭哧、甩鼻。上皮細胞受損后，就會有更多的炎性滲出物，再加上從肺臟過來的痰液，雞只便開始呼嚕，隨著病程的發展，痰液+死亡的細胞碎片共同形成了栓塞。治療原則如下：
    1.修復粘膜、提升免疫力：
    在呼吸道疾病早期，多為上呼吸道的感染，對于上呼吸道的修復藥物就是黃芪、雙花、麥冬、生甘草、沙參、麥冬，桔梗等；當機體有病時，尤其是上呼吸道的感染，治療呼吸道時著重考慮的是修復粘膜。
    2.分解炎性滲出物
    用野菊花、蒲公英、紫花地丁等分解炎性滲出物；氨茶堿擴張氣管，疏通堵塞，改善微循環。
    3.消炎：
    對于上呼吸道的感染，泰樂菌素或紅霉素都可以控制支原體，但對于衣原體無效，要同時配合治療衣原體的藥物（阿奇霉素、氯霉素）。
    4.針對霉菌感染引起的呼吸道疾病用制霉菌素噴霧對呼吸道效果很好。
    當雞群出現咔咔、呼嚕（類似青蛙）時為呼吸道的中期，此時為噴霧給藥的最佳時機，因為此時氣體上形成泡沫樣的分泌物，如果不噴霧，飲水最大的難點就是吸收的問題，給藥濃度不夠，對于氣囊炎的治療，最好的方法就是噴霧給藥。
    噴霧給藥的具體操作作用細節如下：
    首先，要求藥物對呼吸道粘膜無刺激，不損傷呼吸道粘膜。
    其次，對霧滴的要求，一般要求控制微粒的粗細。微粒愈細進入肺部愈深，微粒較粗，大部分落在上呼吸道粘膜表面，不能進入肺部，因而藥效差。一般要求，進入肺部直徑以40微米以下為佳。噴霧設備的選擇尤為重要，達不到要求的噴霧設備不但達不到效果，有的還會引起異物性肺炎，加重死亡。
    控制霧滴的均勻度：所有霧滴在下降的過程中，有一部分會隨著空氣蒸發，一部分可能在下降的過程中相互結合變成重大的霧滴而不利于進入肺部，所以我們加入保護劑，防治霧滴的蒸發和融合，以保證藥物的最大療效。
    在噴霧給藥時注意保溫、保濕，延長藥物作用時間。冬季要求舍內溫度高于正常溫度1-2度，濕度以65%-70%為宜。
    藥物稀釋：要求水質干凈；春、秋、冬季水溫高于雞舍溫度，以38-40度即可，夏季常溫即可。藥物兌水按說明，晚上進行。
    噴霧給藥時，要關閉舍內的燈。噴霧器噴頭應距雞頭上方30cm處，噴頭朝斜上方噴出。噴霧結束后間隔半小時即可打開通風設施。一定注意操作者的個人防護，如戴口罩等，某些藥物（如恩諾沙星）吸入很少劑量對人體產生損害或者過敏體質人群接觸到過敏原引起休克。