挑戰一 緣于“小規模、大群體”的根基 中國蛋雞養殖萬只以下的中小規模養殖場（戶）約占全國蛋雞總存欄量和全國雞蛋總產量63%左右。研究發現：農戶擴大養殖規模的意愿與行為間存在相背離現象，而農戶在養殖過程中面臨的困難是造成其意愿與行為偏離的主要原因，具體包括：蛋雞死淘率、養殖戶年齡、受教育水平、市場銷售渠道、議價能力和廢棄物處理負擔等因素。研究發現：影響蛋雞養殖戶實現規?；囊蛩刂饕屑彝サ酿B殖勞動力比例、養殖勞動力平均年齡、養殖勞動力平均受教育程度、家庭收入結構、養殖用地約束、農戶養殖管理能力和扶持政策等7個因素。從2007年開始，國家大幅度增加資金投入，安排了4.62億元采取“以獎代補”方式對蛋雞標準化規模養殖場進行扶持。經過“十二五”期間的發展，我國蛋雞產業的標準化、規?；l展趨勢越來越明顯，蛋雞行業整合進程也不斷加快。近10年，商品代蛋雞養殖規?；潭纫延休^大提升。2013年下半年蛋雞體系楊首席組織調查：5000只以上的比例約70%。最新行業統計，2015年2000只以下的小規模養殖戶年存欄量仍占總飼養量30%左右。對市場信息的掌握不夠全面，養殖計劃性較差，存在跟風養殖、盲目進入的現象。對市場風險判斷和應對能力很弱，更易受到產業周期性波動影響和突發事件的沖擊。難以抵御短期價格波動帶來的巨大風險，如遇無奈退出，導致無可挽回的損失。

挑戰二 生產成本不斷攀高

1、雞苗成本。雞苗進價在2000～2016年期間年均增長3.5%左右。大規模蛋雞養殖者比較注重蛋雞雞苗的質量，通常優質雞苗的進價要高于普通品種。

2、飼料成本。精飼料費用占蛋雞業成本比重較大，甚至在小規模蛋雞中接近75%，精飼料價格增長是導致蛋雞業成本增加的最主要因素。蛋雞料價格在2000～2016年期間年均增長4.3%左右。

3、人工成本。近年來人工成本也一路上漲，蛋雞企業普遍反映不僅飼養員難招（2016年人工成本比2010年增長30%左右），更嚴重的是打工旺季花錢也難雇到工。

4、防疫成本。2004～2016年蛋雞養殖醫療防疫費用年均增長3～4%，與較高醫療費用不相稱的是逐年增加的死亡損失費，規模蛋雞死亡損失費也高于同期規模肉雞，最具挑戰的是沒防住。

挑戰三 雞蛋加工量少、水平有差異中國的現代雞蛋加工業起步較晚，統計表明，雞蛋主要以國內鮮蛋消費為主，而雞蛋加工比例低于大型生產加工類企業較少，且經營規模很小，區域間的雞蛋加工能力十分不平衡，與海內外的差距更大，低于日本、美國、歐洲等國家或地區。
挑戰四 疾病對產業影響較大農業部于2009年啟動了中長期重大動物疾病防控戰略規劃專題研究，其中就包括對蛋雞相關疾病。蛋雞養殖企業積極采取措施積極防控蛋雞疾病，尤其是養殖規模較大、投資金額巨大的蛋雞養殖企業，如德青源、峪口、神丹、圣迪樂村等企業均建立了嚴格的疾病監測防控系統。由于中國蛋雞產業“小規模、大群體”的特征，蛋雞養殖企業大部分處于FAO界定的較低生物安全生產方式分類。H7N9流感疾病對雞蛋價格、蛋雞養殖效益及行業的影響。以2017年為例，H事件對蛋雞產業影響的路徑，主要包括產出價格路徑、產出數量路徑以及投入成本路徑；H疾病作為隨機因素會影響雞蛋、淘汰雞價格的走勢，影響周期約6個月，且H事件持續的時間取決于國家對H疾病的監測防控響應速度；綜合雞蛋價格、淘汰雞價格、雛雞價格降低所造成的損失以及銷售數量減少所造成的損失、蛋雞養殖成本增加所造成的損失，初步匡算，2016年冬季至2017年春季，H事件導致的總損失約為230億元。
挑戰五 環保督查力度不斷加大中央環保督查力度大，各地區環境考核將放在比GDP增長更重要的位置，各地政府也將更加嚴格、鐵腕治理畜禽污染，重點督查禁養區、養殖規模水平低、養殖效率差、糞污處理設施不健全、污染嚴重的養殖場（戶）。
挑戰六 廢棄物處理與利用亟待提升廢棄物處理與利用始終是困擾產業發展的難題；糞便處理仍以自然堆放和直接還田居多。不僅造成資源浪費，而且對養殖和生活環境造成污染，不利于整個行業的健康發展；有機肥見效慢、不能享受肥料補貼，還存在市場價格較高、推廣難度較大、市場接受度較低的問題。
挑戰七 市場風險雞蛋市場風險的主要表現形式是價格波動風險和農戶收益風險；雞蛋價格波動具有明顯的季節性和周期性；季節性循環規律為1年，周期性循環規律約為36個月。最近幾年周期有提前趨勢。