1、品種

研究表明人和小鼠的腸道微生物受遺傳背景和環境因素的影響。豬腸道微生物同樣受這兩方面的影響。擬桿菌門，厚壁菌門，螺旋體門和變形菌門是榮昌豬和約克夏豬糞便微生物的優勢菌群，但與約夏克豬相比，榮昌豬糞便微生物中厚壁菌門和螺旋菌門所占總菌群比率顯著升高，擬桿菌門的豐度顯著降低。這也是榮昌豬脂肪含量高的原因之一。通過擴增細菌16S rRNA基因V6-V8區序列進行DGGE分析指出，藏豬糞便中比長白豬有更豐富的微生物。對國內外不同品種的8個豬種的腸道微生物分析表明，肥胖型的中國地方豬種腸道菌群具有較高的相似性，含有較高比例的厚壁菌門和擬桿菌門，而瘦肉型的國外豬種之間也有一定的相似性，同時國內豬種腸道微生物的豐度高于國外豬種。上述研究表明了豬種是影響豬腸道微生物組成的因素之一。

2、日糧

膳食纖維是豬腸道微生物重要的底物，其對腸道功能的影響主要是通過豬后腸細菌的交互作用，包括腸道微生物群落組成的改變和發酵終產物的生產，來影響豬后腸對營養物質的消化吸收。日糧中提高膳食纖維水平可以增加分解纖維素和半纖維素活性的細菌。膳食纖維可以增加斷奶仔豬大腸中有益菌的豐度，降低有害菌的豐度。哺乳仔豬日糧中添加苜?？稍黾用つc和末端結腸中梭菌屬和糞球菌屬的數量，并且能夠減少豬鏈球菌的數量；添加純纖維素能夠抑制盲腸中金黃色葡萄球菌的生長。其中糞腸球菌主要有產丁酸鹽的作用，丁酸已被發現是一種健康促進代謝物，它可以誘導分化調節性T細胞，具有抗炎作用。而豬鏈球菌能夠引起斷奶仔豬的死亡。

蛋白也是重要腸道微生物的發酵底物。部分蛋白質在小腸中被發酵為小肽和氨基酸，而部分降解為支鏈氨基酸和一些有害物，如氨氣，胺類物質和酚類化合物等，這些物質由許多細菌形成，例如擬桿菌屬，丙酸桿菌屬，鏈球菌屬和梭菌屬。 例如支鏈氨基酸通過梭狀芽胞桿菌通過Stickland反應大量產生。所以日糧中的蛋白水平對腸道微生物具有重要的影響。研究表明，日糧中添加酪蛋白可顯著改善腸道內乳酸桿菌、雙歧桿菌以及芽孢桿菌區系，增加腸道菌群的活性。高通量測序結果表明，用棉籽粕作為主要蛋白來源飼料飼喂仔豬，能夠提高小腸微生物中有益菌的比例，如乳酸菌，梭菌等。

研究表明不同的脂肪含量可影響動物的腸道微生物數量及組成。熒光定量PCR結果顯示，高脂日糧飼喂豬的腸道微生物中，擬桿菌屬和腸桿菌屬的數量顯著升高，雙歧桿菌和乳酸桿菌的數量則顯著降低。低脂高纖維日糧促進有益菌和短鏈脂肪酸的產生，特別丁酸鹽，而高脂低纖維日糧則促進對健康有負面影響的菌群。不同來源的脂肪酸也會對腸道微生物產生影響。研究椰子油、豬油和魚油對盲腸的微生物數量影響時發現，與豬油相比，椰子油和魚油可降低盲腸內容物中的大腸桿菌數量，減少大腸桿菌對豬的影響，增加乳酸桿菌和雙歧桿菌數量。

3、抗生素

添加抗生素是維持和改善動物健康和飼料報酬最經濟有效的方式，另外抗生素被廣泛應用于畜禽疾病的治療和預防?？股貙ωi腸道微生物有重要的影響。在ASP250抗生素復合劑對豬腸道微生物影響的研究中發現，添加ASP250 14天后，豬腸道微生物發生了顯著的變化。給藥組腸道中變形菌門從1%增加至11%，特別是大腸桿菌的數量；宏基因組分析顯示，給藥組腸道中與能量產生和轉化相關的微生物功能基因增加。添加抗生素后雖然腸道微生物多樣性增加，但是抗性基因的表達隨之升高，增加了細菌的耐藥性。16SrRNA V3區域焦磷酸測序結果顯示，添加泰樂菌素后加速了豬腸道微生物菌群的定植和成熟，這種變化有利于提高豬的生產性能?？ò投嗨臼橇硪环N在養豬產業廣泛應用的抗生素，主要作用是防止豬腹瀉和豬提高生產性能。16S rRNA測序結果表明，卡巴多司抑制由日糧引起的腸道大腸桿菌的生長，且作用效果迅速。上述研究表明使用不同的抗生素腸道微生物會發生不同的變化。雖然抗生素的使用可以促進腸道有益菌的生長抑制有害菌，但是過度依賴抗生素會提高病原菌的抗性，導致抗生素的使用效果下降。新一代測序技術的使用，能夠準確的分辨出抗生素使用后腸道微生物的變化情況，對新型益生菌的開發提高了理論基礎。

4、酶制劑

添加飼料酶制劑在促進生長和營養物利用效率的價值在動物生產中是公認的。酶制劑發揮作用的方式有以下幾點：

（1）降解日糧中不能被動物自身酶類水解的特殊化學鍵，如混合植酸鹽；

（2）消除細胞壁多糖，增加淀粉氨基酸礦物質的利用率；

（3）分解日糧中的抗營養因子，如可溶性非淀粉多糖，植酸；

（4）水解不溶性非淀粉多糖，提高后腸發酵能力從而提高總能的利用；

（5）補充動物幼仔由于消化系統發育不成熟造成的內源酶不足，如脂肪酶，淀粉酶，蛋白酶等；

（6）改善動物消化道環境。對酶制劑和動物腸道微生物的互作的研究，使我們更加深入了解了動物的生產性能與微生物之間的相互聯系。在日糧中添加有淀粉酶、蛋白酶和木聚糖酶組成的復合酶制劑能提高仔豬增重和飼料轉化率，增加胃中食糜粘度以及結腸中短鏈脂肪酸的濃度，同時增加了盲腸中乳酸菌的數目減少了結腸中大腸桿菌的數目。在斷奶仔豬日糧中添加葡萄糖氧化酶可以提高豬的生產性能，增加血液中T3，T4和生長激素的濃度，降低豬糞便中沙門氏菌的數量，促進腸道健康。35日齡開始添加木聚糖酶和β葡聚糖酶的混合酶制劑可以提高豬的生產性能，同時能夠提高乳酸菌和枯草桿菌的數量，降低沙門氏菌和大腸桿菌的豐度，有利于腸道健康。