根據福建省政府印發的《福建省中長期動物疫病防治規劃(2012—2020年)》，未來8年福建省將優先防治16種動物疫病，其中一類動物疫病有5種，分別是口蹄疫(O型)、高致病性禽流感、高致病性豬藍耳病、豬瘟、新城疫；二類動物獸藥營銷網疫病有11種，分別是布魯氏菌病、奶牛結核病、血吸蟲病、狂犬病、馬鼻疽、馬傳染性貧血、沙門氏菌病、禽白血病、鴨瘟、豬偽狂犬病、豬繁殖與呼吸綜合征(經典豬藍耳病)。

福建省還將重點防范14種外來動物疫病，包括9種一類動物疫病、1種二類動物疫病和4種未納入病種分類名錄但傳入風險增加的動物疫病。

      到2020年，各設區市、平潭綜合實驗區及重點縣（市、區）動物獸藥營銷網疫病預防控制機構實驗室均具備有效開展動物疫病病原學監測的能力。