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家禽感染毛滴蟲病主要表現是:上消化道感染的病禽表現食欲廢絕,精神萎頓,嗉囊塌癟,頸部常伸拉作吞咽狀,眼有水汪汪分泌物,閉口困難,口中流出淺綠色至淡黃色粘液,并散發出惡臭味。下消化道感染的病禽表現精神沉郁,食欲下降或廢絕,羽毛松亂,步態不穩,呆立喜臥,拉淡黃色水樣稀糞,體重下降,呈昏睡狀,直至死亡。禽毛滴蟲侵害口腔、鼻腔、咽、食道和嗉囊的粘膜表層。
剖檢可見口腔、鼻竇、咽、食道和嗉囊有凸起的白色結節或壞死性潰瘍,并有干酪樣分泌物。肝與肺亦常有硬的、白色至黃色的圓形或環形壞死灶。盲腸腫脹,粘膜潰瘍,表面有干酪樣滲出物,其他腸段也呈典型的炎癥變化。