對于口蹄疫滅活疫苗,現有的安全性標準是非常嚴格的。為什么在臨床免疫中經常出現嚴重不良反應?可能的原因是臨床反映的不良反應數據往往有人為夸大因素；另一原因是疫苗不良反應,主要分為兩類:一類是由于疫苗抗原液中污染的內毒素以及佐劑中的雜質引起的非特異性反應,另一類是由于動物個體的免疫水平或過敏體質引起的特異性過敏反應。

現有的安全檢驗方法和標準可以排除由疫苗本身質量問題導致的不良反應,而對于第二類因素導致的不良反應現標準難以排除。大部分動物經多年多次疫苗接種,使其處于免疫狀態,有的動物還處在高免狀態,再次疫苗接種時可能誘發嚴重的特異性過敏反應。要防止這種不良反應只有結合免疫檢測,實行差別免疫,即在疫苗接種前測定口蹄疫抗體效價,對于處于高免狀態的動物推遲接種疫苗；或備好抗過敏藥品,對于出現過敏反應的動物進行緊急救治。

在國內目前生產口蹄疫滅活疫苗的生產企業有六家,分別是中牧股份蘭州生物藥品廠、蘭州獸醫研究所中農威特公司、金宇保靈生物藥品有限公司、新疆天康畜牧科技有限公司、乾元浩保山疫苗廠及上海申聯生物制品有限公司。其中上海申聯生物制品有限公司目前僅生產豬口蹄疫合成肽疫苗。